Todos los departamentos del Museo comparten el objetivo de fomentar la investigación sobre el museo y sus colecciones, sin olvidar el patrimonio y la memoria de la ciudad.
Para ello facilita a los investigadores el acceso a la información y documentación necesaria en su labor y promueve estudios de interés.

Desde el Departamento de Documentación y Catalogación se está impulsando el estudio Atlas escultórico de la ciudad. Se trata de un proyecto de catalogación, descripción y documentación de la escultura pública ubicada en Donostia-San Sebastián.
Dentro de un proyecto de investigación de las colecciones de piezas egipcias públicas y privadas existentes en el País Vasco, un equipo interdisciplinar integrado por egiptólogos y coleccionistas privados del País Vasco, se encuentra estudiando y documentando la colección egipcia de San Telmo.

La Biblioteca está constituida fundamentalmente por obras relacionadas con los fondos, actividades e historia del museo. Aunque de acceso restringido, puede consultarse en el catálogo de la red de bibliotecas de Donostia Kultura. Actualmente estamos trabajando en el nuevo proyecto del museo, con el fin de mejorar y actualizar sus servicios e instalaciones. Se convertirá en un nuevo punto en la red municipal de bibliotecas, con una oferta especializada en arte, etnografía y museología.

El museo cuenta con un amplio número de publicaciones tanto de las exposiciones como de los propios fondos.